‌‌‌‌متخصصان‌ اصلاح‌ نژاد بيشتر روي‌ تنوع‌ صفات‌ كمي‌ مي‌انديشند و سعي‌ مي‌نمايند با توسط روشهاي‌ آماري‌ از همهِ اط‌لاعات‌ در برنامه‌هاي‌ انتخاب‌ استفاده‌ نمايند. اين‌ روشها از سال1950 باپايه‌گذاري‌ متدهاي‌ بيومتري‌ پيچيده‌تر همراه‌ شد .‌‌‌‌ژنتيك‌ كمي‌ تنها اثر تجمعي‌ ژنهايي‌ را كه‌ باعث‌ ايجاد تفاوت‌ بين‌ افراد مي‌شوند مورد توجه قرار مي‌دهد و فرض‌ اصلي‌ آن‌ تفكيك‌ همزمان‌ بسياري‌ از ژنهاي‌ كوچك‌ اثر مي‌باشد. اين‌ موضوع‌مورد ترديد است‌ كه‌ همه‌ ژنهاي‌ موِثر بر صفات‌ كمي، كوچك‌ اثر باشند و ممكن‌ است‌ بعضي‌ ژنهاسهم‌ عمده‌اي‌ در تنوع‌ ژنتيكي‌ داشته‌ باشند. براي‌ توضيح‌ بيشتر تفاوت‌ عملكرد ژنها بايدخصوصيات‌ ژنها به‌ تنهائي‌ نيز بررسي‌ شود . روشهاي‌ آماري‌ مناسب‌ جهت‌ شناسائي‌ حيوانات‌داراي‌ ارزش‌ اصلاحي‌ مطلوب‌ توسعه‌ يافته‌ است‌ كه‌ اساس‌ آن‌ حذف‌ هر چه‌ بيشتر عوامل‌ محيطي‌ واستفاده‌ از اط‌لاعات‌ حاصل‌ از عملكرد خود حيوان‌ و خويشاوندان‌ آن‌ جهت‌ انتخاب‌ و تخمين‌ آثارافزايشي‌ همه‌ جايگاههاي‌ موِثر بر صفت‌ است. انتخاب‌ براساس‌ فنوتيپ‌ به‌ دليل‌ آثاري‌ كه‌ عوامل‌محيطي‌ روي‌ صفت‌ اندازه‌گيري‌ شده‌ دارند و نيز توارث‌ صفات‌ چند ژني، اثر متقابل‌ بين‌ ژنها دريك‌ لوكوس‌ (غلبه) و بين‌ لوكوسهاي‌ مختلف‌ (اپيستازي) با كاهش‌ سودمندي‌ روبروست‌ . درحال‌ حاضر كاربرد تكنيك‌ آماري‌ همچون BLUP ‌(7)، امكان‌ جدا كردن‌ آثار محيطي‌ از ژنتيكي‌ رافراهم‌ و در برنامه‌هاي‌ اصلاحي‌ بسيار سودمند واقع‌ شده‌اند. ولي‌ اين‌ روشها ژنوتيپ‌ يك‌ فردراناشناخته‌ باقي‌ مي‌گذارند و به‌ صورت‌ يك‌ جعبهِ سياه‌ به‌ آن‌ مي‌نگرند و مضراتي‌همچون‌ كاهش‌ واريانس‌ ژنتيكي، تثبيت‌ الل‌هاي‌ كشنده‌ و همخوني‌ را ممكن‌ است‌ بدنبال‌ داشته‌باشد. چرا كه‌ در روشهاي‌ ژنتيك‌ كمي‌ اط‌لاعات‌ ژنوتيپي‌ افراد بطور دقيق‌ قابل‌ ارزيابي‌نمي‌باشد بلكه‌ برآوردي‌ از آن‌ از طريق‌ فنوتيپ‌ و خويشاوندان‌ امكانپذير است.
‌‌‌‌شناخت‌ ملكولي‌ ژنهائي‌ كه‌ بزرگ‌ اثر هستند ممكن‌ است‌ ديدگاه‌ جديدي‌ براي‌ بهبود ژنتيكي فراهم‌ كند . علم‌ ژنتيك‌ ملكولي‌ در اصلاح‌ نژاد مي‌كوشد با پرده‌برداري‌ از سيما و ساختار ژنها،نقش‌ دقيق‌ آنها را در توليد حيوان‌ شناسائي‌ و چگونگي‌ تغييراتشان‌ را در سطح‌ مولكولي‌ بررسي‌ نمايد.
‌‌‌‌شناسائي‌ طبيعت‌ كنترل‌ صفات، نه‌ تنها دستاوردهاي‌ علمي‌ عمده‌اي‌ را به‌ همراه‌ داشته‌ بلكه برنامه‌هاي‌ اصلاحي‌ را به‌ يك‌ بازده‌ مناسب‌ هدايت‌ خواهد نمود كه‌ اين‌ ديدگاه‌ به‌ عنوان‌ انتخاب‌ به‌كمك‌ نشانگر(8) مشهور است‌. ژنتيك‌ ملكولي‌ و بيوشيمي‌ شكاف‌ و نقايص‌ ژنتيك‌ كمي‌ راپر كرده‌ و درك‌ ما را از علل‌ تغييرات‌ كمي‌ در سطح‌ ژن‌ بالا برده‌ است.
‌‌‌‌در برنامه‌هاي‌ اصلاح‌ نژاد، ماركر يا نشانگر مولكولي‌ عبارتست‌ از تفاوت‌ در توالي نوكلئوتيدهايDNA ‌ كه‌ اين‌ تفاوت‌ داراي‌ توارث‌ مندلي‌ است‌ اين‌ قطعه‌ ويژه‌ متعلق‌ به‌ ژن‌ يا ژنهائي‌است‌ كه‌ بطور معني‌داري‌ در تنوع‌ بين‌ حيوانات‌ سهيم‌ هستند و در نتيجه‌ ممكن‌ است‌ بين‌ قطعه‌ويژه‌اي‌ كه‌ نتاج‌ از والدين‌ دريافت‌ مي‌نمايند و عملكرد نتاج‌ يك‌ ارتباط‌ مشاهده‌ شود در نتيجه‌مي‌توان‌ نتاج‌ را براساس‌ قطعه‌ كروموزومي‌ كه‌ از والدين‌ دريافت‌ كرده‌اند انتخاب‌ كرد ..
‌‌‌‌بنابراين‌ خود نشانگر معمولا روي‌ عملكرد حيوان‌ بي‌تاءثير است‌ ولي‌ با يك‌ ژن‌ تاءثيرگذارروي‌ عملكرد حيوان‌ يا توالي‌ مجاور متصل‌ بهQTL ‌آن‌ را ارزشمند مي‌كند. ما با استفاده‌ از نشانگرژنتيكي‌ مستقيماإ روي‌ تنوع‌ ژنتيكي‌ نگرش‌ داشته‌ و با شناسائي‌ تنوع‌ در سطحDNA ‌ قادر خواهيم‌ بودتفاوت‌ صحيح‌ ژنتيكي‌ دو فرد را بررسي‌ كنيم.
‌‌‌‌روش‌ مناسب‌ تركيب‌ اط‌لاعات‌ حاصل‌ از نشانگرهاي‌ ژنتيكي‌ با روشهاي‌ آماري‌ مي‌باشد
باعث‌ افزايش‌ دقت‌ و كاهش‌ فاصلهِ نسل‌ و نهايتاإ افزايش‌ پاسخ‌ به‌ انتخاب‌ مي‌گردد ‌‌‌‌مزيت‌ انتخاب‌ به‌ كمك‌ نشانگر در يك‌ صفت‌ نسبت‌ به‌ روشهاي‌ انتخاب‌ براساس‌ فنوتيپ بستگي‌ به‌ وراثت‌پذيري‌ صفت‌ دارد. انتخاب‌ براساس‌ نشانگر در موارد زير مفيد است:
- وراثت‌ پذيري‌ صفت‌ كم‌ باشد
- صفت‌ محدود به‌ جنس
- صفت‌ در ابتداي‌ زندگي‌ باشد
- اط‌لاعات‌ از والدين‌ جمعيت‌ حاضر وجود نداشته‌ باشد.
- صفات‌ لاشه‌ يا صفاتي‌ كه‌ اندازه‌گيري‌ آن‌ مشكل‌ و پرهزينه‌ است‌
‌‌‌‌عيب‌ انتخاب‌ براساس‌ نشانگر فقط‌ در احتمال‌ نوتركيبي‌ است‌ كه‌ سودمندي‌ آن‌ را كاهش مي‌دهد. از سه‌ راه‌ كلي‌ اط‌لاعات‌ مستقيم‌ بدست‌ آمده‌ از سطح‌ ژنها در برنامه‌ه